Vraisemblablement dépeuplées pendant une certaine période, les Pityuses reprennent les devants de l'histoire au VIIe siècle av. J.-C., moment où les phéniciens fondent la ville d'Eivissa, début de la période historique la plus brillante de ces îles. C'est par le biais de Diodoro de Sicile que nous parvient le témoignage de Timeo de Taormina, du IIIe siècle av. J.-C. qui se rapporte aux Pityuses en citant les îles des pins, aux ports magnifiques et aux demeures admirablement construites et faisant allusion à Eivissa comme à une enclave entourée de murailles. La partie la plus haute de la vieille ville d'Eivissa (Dalt Vila) était le centre de la cité il y a près de 2.700 ans. De ce promontoire, on découvre un magnifique panorama des itinéraires maritimes et de la vieille cité des morts, la nécropole du Puig des Molins qui se dresse sur une colline dominant l'emplacement de l'ancienne ville. La nécropole punique du Puig des Molins est probablement la plus intéressante de la Méditerranée occidentale. Le site propose un musée monographique et un itinéraire permettant de découvrir les anciennes sépultures. En dehors de la baie d'Eivissa, les phéniciens s'installèrent à Sa Caleta où l'on peut visiter les vestiges du village de l'époque.

À la fin du VIe siècle av. J.-C., la ville se transforme en une véritable métropole et, grâce à sa situation stratégique, l'île devient un centre de redistribution de marchandises. Le développement commercial d'Ibiza fut tel qu'au IIIe siècle av. J.-C., l'île frappait sa propre monnaie à l'effigie du dieu Bes. L'importance d'Eivissa lui permit d'accéder au statut de ville fédérée de Rome, ce qui donna une certaine autonomie au sein de l'Empire Romain. Cette indépendance tendit à disparaître progressivement. En l'an 74 de notre ère, avec la pleine intégration d'Ebubus dans Rome, la disparition des structures puniques devient irréversible.

Le IIIe siècle, pendant le Bas Empire, est une période de claire décadence et seule la situation de port stratégique sur les routes de la Méditerranée rend possible les échanges commerciaux. En 455, les vandales conquièrent les Illes Balears puis, quatre-vingts ans plus tard, c'est le tour des byzantins. Une période d'ombre débute alors pour Ibiza. Les premiers contacts d'Ibiza avec le monde islamique remontent au VIIIe siècle. En l'an 902, les Illes Balears font partie des possessions orientales de l'Al-Andalus jusqu'à ce que le Califat de Denia s'empare des îles en 1014. Medina Yebisah fut l'objet de plusieurs tentatives de reconquête mais aucune ne fructifia jusqu'au débarquement à Ibiza et Formentera des troupes catalanes en 1235. Les vestiges des époques comprises entre la préhistoire et l'époque islamique sont exposés au Musée Archéologique de Dalt Vila qui propose un guide de visite très complet, oeuvre de Benjamí Costa et de Jordi Fernández.

Sous le commandement de Guillem de Montgrí, les troupes catalanes prirent Ibiza le 8 août 1235. Cette date est devenue une fête et le symbole du début de la liberté de gouvernement de l'île, indépendance anéantie par un décret de Felipe V en 1715 qui supposa la disparition de l'Universitat, institution gouvernementale insulaire. La Constitution de 1978 a permis à Ibiza de récupérer son propre gouvernement. Le Statut d'Autonomie de 1983 détermine en outre l'autonomie de l'ensemble des Illes Balears et la création de trois Consells insulaires: le Conseil de Menorca, celui de Mallorca et celui d'Ibiza et Formentera.